мы должны перезаписать весь файл целиком
Если смотреть с этой стороны, то да, что JSON, что XML - абсолютно дурацкие форматы, когда речь идет о хранении данных в процессе их обработки - стоит поменять одно поле, и нужно переписывать весь хвост файла, так как все записи имеют переменную длину.
С другой стороны, СУБД хранят свои данные в так называемых
страницах, размер которых, как правило, кратен размеру кластера на жестком диске. Следовательно, изменение одной записи приведет только к перезаписи группы страниц, относящейся к этой записи, но не к перезаписи всей БД.
Однако, с практической точки зрения, важно смотреть не на износ, а на быстродействие. СУБД, например, хранит числа в двоичном представлении, в то время как JSON, XML и прочая требуют преобразования чисел в строки и наоборот при каждой записи и чтении, что естественно, создает дополнительные тормоза и обогрев атмосферы.
Проектировать ПО с учетом возможного износа накопителей данных - это уже попытка учесть эффекты третьего порядка (первый порядок - ПО работает с ошибками, второй порядок - работает правильно но медленно, третий - работает быстро и правильно, но создает косвенные затраты на оборудование), что имеет мало практического смысла.
То есть да, хранить данные в СУБД оптимальнее и быстрее. Еще там есть схема данных, которая проследит за их целостностью, а также функционал фильтрации и агрегации, которые не придется писать заново.
