alexalexes

... `key` INT ...
В обратные кавычки берите названия колонок, потому что без них key будет восприниматься интерпретатором как ключевое слово.

То, что у вас лежит на дисках в скрытом каталоге $Recycle.Bin, то и транслирует корзина в новой ОС.

Возможно, в какой-то раз неправильно извлекли диск, и в файловой системе осталась пометка, что было небезопаспное извлечение.
Win7 отреагировала на это переводом раздела в режим только чтение (архив).

Программу запускал, но за 20 минут она не сдвинулась.

Если вы из оконного режима запускали проверку диска, то посекторная проверка на таком объеме - это многоэтапный и многочасовой процесс, какие-то этапы будут проходить быстро, а какие-то висеть на одном месте несколько часов.
Чтобы видеть прогресс проверки диска, нужно запускать его из командной строки.

Сейчас запустил без него и проверка прошла моментально

Проверка диска сняла атрибут небезопасного события извлечения диска, и ОС перестала его воспринимать в режиме только чтение.

Alt+Shift позволяет выделять несколько фрагментов для редактирования.
Но все же будет быстрее использование традиционной функции Найти и заменить Ctrl+F.

Работодателя может напрячь, что вы долго работали в организации, где была низкая культура разработки.
Что я имею ввиду. Работника берут на должность разработчика, а по факту у его обязанности "подай-принеси" - без участия в задачах изменения функций проекта. Или наоборот, обязанностей на одного человека больше, чем у группы разработчиков - ввиду нехватки низкооплачиваемых специалистов, оставшиеся специалисты берут обязанности уволенных - получаются человек-оркестр.
Ввиду выше сказанного, даже если в организации есть команда разработчиков, то у них слабое распределение задач, так как отсутствует компетентный руководитель, либо не хватает звеньев руководителей от начальника отдела до рядового работника, кто бы мог распределять задачи на низком уровне исполнителей.

Если вы устроитесь в гос. организацию, и увидите такие симптомы, то лучше ищите другую работу на перспективу. Если задержитесь на этом месте больше 2-3 лет, то привыкнуть к другому порядку работы вам будет сложно.
Работодатель, где хорошая культура разработки, знает такой нюанс.

То, что вы хотите получить можно сделать таким запросом:

select S.*,
     (select S1.location from services S1 where S1.main = S.main and (S1.list is null or S1.list = '')) head_index
from services S
order by head_index, S.list is null or S.list = '' desc, S.location is null or S.location = '' desc, S.location

А потом вывести таким скриптом:

$sql = "select S.*,
     (select S1.location from services S1 where S1.main = S.main and (S1.list is null or S1.list = '')) head_index
from services S
order by head_index, S.list is null or S.list = '' desc, S.location is null or S.location = '' desc, S.location";
$res = mysqli_query($conn, $sql);
$cat_index = 0;
while($row = msqli_fetch_assoc($res))
{
  if(is_null($row['list']))
  {
    if($cat_index > 0)
      echo '</ul>';  // закрытие списка
    echo '<p>'.$row['main'].'</p><ul>'; // название категории, начало списка
    $cat_index++; // считаем категорию, чтобы правильно закрывать списковые теги
  }
  else
  {
    echo '<li>'.$row['list'].'</li>';
  }
}
if($cat_index > 0)
  echo '</ul>'; // закрытие списка

А вообще, многоуровневые списки делаются по-другому.