Поддержка NTFS есть только сторонними средствами (кажется, от Paragon Software например).
Поддержка LFN на FAT есть с помощью сторонней утилиты doslfn. Но работает не особо эффективно и ещё кажется оно не умело в кэширование с диска, что очень чувствовалось. Нужно ещё понимать, что крайне мало софта для DOS умеет работать с LFN, буквально редкие экземпляры. Типа DOS Navigator и самых последних версий Volkov Commander.
Кстати, я ещё находил какое-то решение, которое позволяло некоторые консольные win32-приложения запускать в DOS. В частности, после отключения пары неработавших плагинов завёлся Far 1.7 и даже с поддержкой LFN.
Кэширование нативное в DOS отсутствует полностью, и это весьма заметно, что все операции синхронно производятся с диском. Но есть сторонние средства, в том числе решение от Microsoft - smartdrv.
Если специально ничего не делать деструктивного, то DOS просто не будет видеть разделов NTFS вообще и ничего не сломает.
В целом, если хочется поддержки NTFS, более перспективно LiveCD с виндой. Я когда-то сто лет назад для себя сделал из XP упрощённый LiveCD с одним cmd.exe в качестве Shell, который запускался на тестовой виртуалке всего с 24 Мб оперативной памяти. Вполне годится для замены Recovery Shell в случае если он не запускается.