VT100

• "Почему?" Потому, что так захотел овеновский разработчик.
  
• По факту - потому, что термосопротивления, в основном, имеют два вывода и их выходным сигналом является изменение одного сопротивления, а не отношение двух.
  

• Нахожу сомнительными гирлянды полярных конденсаторов в цепи опорного напряжения. Не станут ли они источником шумов (от токов утечки)?
  
• MCP1525, вероятно, - не лучший выбор для 24-битного АЦП. Начальная точность - ладно, откалибровать. Но 50 ppm/°C - это уже 2 бита на градус, если я не ошибся в расчётах. Данных по шумам, не скачивая DS, - не вижу. Но, думаю, соответствуют термостабильности.
  
• "100 мл галоперидола в жопу" - успокоят [почти] любой ОУ. Но это просто некрасиво (D6 - C34..36), да и теряется смысл существования этого D6. ИЧСП, в схеме оригинальной отладки - то же самое (U2 и С4 по адресу https://www.ti.com/lit/ug/sbau090e/sbau090e.pdf).
  
• В чём смысл R16, R22, R23, R28, R29?

..... если использовать только QSPI или нужно подключать так же обычный SPI.

• 1. Выходное сопротивление источника сигнала и входное приёмника - образуют делитель напряжения. На входе может оказаться недостаточно сильный сигнал.
  
• 2. Выход источника может быть не рассчитан на выдачу такого тока, который будет протекать через входное сопротивление приёмника.