Используйте нормальный режим работы php. FasCGI/CGI/PHP-FPM.
Тогда не будут возникать проблемы с правами. Т.к. скрипты будут запускаться от отдельного пользователя.
По-умолчанию у вас сейчас Apache prefork + mod_php. Это самый старый и убогий режим работы.
Откройте вакансии и посмотрите в требованиях стэк технологий.
Самое популярное это php/js. Как только дорастёте до уровня мидл во фронте и бекенде, считайте, что фулстэк. Хотя бы по паре фреймворков вы должны знать уверенно.
Фулстэки обычно занимаются MVP или прототипами. То, что можно сделать одному специалисту без лишних наворотов. Таких задач полно.
AmoCRM до сих пор не могут на рынке США обосноваться. Токовинин по пол-года торчит в Лос-Анжелесе.
Оттуда надо начинать, но никак не расширяться. Примеров масса.
Не важно кто регистрировал. Зависит на кого был зарегистирован. Именно для таких случаев и просят указать ваши персональные данные. Обратитесь к регистратору для восстановления доступа к домену.