Семейство RedHat: Centos, Fedora, Oracle Linux и собственно RHEL. Котируются в серьёзном энтерпрайзе типа банков. Хороший выбор с заделом на будущее.
Семейство Debian: Debian, Ubuntu, Mint, что-то там ещё. Популярны, по ним больше разжёванных инструкций и прочего, часто встречаются в IT-компаниях (в том же Яндексе). Хороший выбор для старта.
Arch, Gentoo, Slackware, и BSD-семейство туда же - выбор суровых красноглазиков. Очень познавательно, но сложно, если не бездумно копипастить команды с вики, а реально вникать.