Решать такую задачу программно сложно, потому что обычно человеку легко разделить свои данные, а как софту их разделить по двум дискам так, чтобы вытащив один диск - там было хоть что-то, что есть смысл читать отдельно, непонятно.
Сами-то как себе представляете такое ПО, по какому алгоритму оно должно решать, какой файл на какой диск попадёт, чтобы вам потом был смысл на другом компе читать данные с одного, отдельного, диска?