Sanes

По-разному настраивают. Может быть chroot, я например использую lshell, а могут и ничего особо не настраивать. Пример Lshell. Это в случае вирт. хостинга.
В вашем вопросе не понятно, как голая ОС может быть при вирт. хостинге.

Нет таких. В русскояз. сегменте точно.

Ubuntu server 14.04/32
VirtualBox не установит вам эту систему, а лишь подготовит более подходящую конфигурацию.

Если FreeBSD не нужен то CentosWebPanel или VestaCP.
Но я бы выбрал ISPman. Не так дорого он стоит, раз не только для себя планируете.

Что мешает менеджеру заполнить тикет со слов клиента? Делайте только пометку по какому каналу и в какое время пришла заявка.

Посмотрите лекцию, может так будет понятней. На 40 мин. примерно о вашей теме.

Попробуйте перезаписать файлы Modx оригинальными и запустить /setup/. Можно сразу на версию 2.5 обновлять.

Вы не думали о том, что вам придется настраивать тот самый компьютер? При этом каждый раз. С точки зрения безопасности тоже плохая идея.

Заведите журнал изменений. В случае мутных разговоров у вас будет, чем ответить. В памяти подобные вещи обычно плохо хранятся.

Работать.

Просто админить уже не получится. Как минимум вы должны уметь работать с системами упр. конфигурациями, а это уже ближе к разработке.

На бирже вакансий.

Для начала поинтересуйтесь у вашего хостера, возможно ли вообще у них работать с IPv6 и какие есть особенности в их сети.

Запросто возникнут. Если и есть какая-то проверка, то она поверхностная.
А вообще это Template Monster

Modx 2.5

Да. Пример меню Twitter Bootstrap.

Ищите домен в базе.

Плохая идея.