Sanes

Задач миллион. Например Apache/Nginx/PHP это уже гора разных вариантов настройки.

Зависит от вашего сайта. Если нет интерактивных вещей и обновления с одного источника, то банальная синхронизация Rsync.

Minishop2+100500 дополнений оплаты.

Менеджер среднего звена его называют. Задача, приболтать клиент на заказ.

Нормальные пацаны делают переезд с задержками в 15 мин. Т.е. сначала развернули новое, а потом отключили старое. Но такое обычно требует избыток в оборудовании и возможно в работе. Если за оверхед не уплочено, то вполне нормально. Вас же предупредили.
Не обязательно делать переезд в один день, можно за неделю потихоньку все перенести например.
Кстати, переезд, хороший повод провести ревизию оборудования и софта.

21 век на дворе, какие книги? Ищите сообщества. Одно дело прочитать и другое дело обсудить те или иные приёмы в дизайне.
Все эти энциклопедии умещаются на одной странице с десятком пунктов, как делать нельзя.
Demiart например.

https://github.com/AveVlad/russia-it-podcast

Кол-во ядер в любой наверное можно. Virtualbox посмотрите.

На Modx без серьезной доработки не обойтись. Например работа с той же датой публикации и изображениями. Попробуйте конечно. Более или менее подходит Tickets+HybridAuth

На VDS будет больше свободы, можно написать своё решение.
В ISPmanager или VestaCP можно добавить алиасы списком, но для каждого домена отдельно.

Админка работает на независимом веб-сервере NGINX и доступ к ней только по IP. Можете еще стандартный порт поменять.

location / {
		try_files $uri $uri/ =404;
        if (!-e $request_filename) {
        rewrite ^/(.*)$ /index.php?q=$1 last;
	    }
	}

Из-за сжатия.

Перетащи сниппет из дерева в поле content, откроются параметры. Так же набор параметров можно посмотреть открыв сниппет кликнув на него в в дереве.
Считай это небольшим хаком для всех сниппетов.

Wordpress

По-разному настраивают. Может быть chroot, я например использую lshell, а могут и ничего особо не настраивать. Пример Lshell. Это в случае вирт. хостинга.
В вашем вопросе не понятно, как голая ОС может быть при вирт. хостинге.