Количество информационных баз в данном случае не имеет особого значения. Важнее сколько всего одновременных пользователей, сколько в одной базе, размеры баз, файловые или SQL, способ подключения клиентов к серверу, HDD или SSD... - ничего этого вы не указали, а без этого будет гадание на кофейной гуще.
Если пользователей больше десятка, базы файловые в расшаренной папке, а диски HDD, то запуск 20 мин - это вполне ожидаемо.
Сервер на windows (есть мысль, что во всём виноват он, так ли это?
Скорее всего, но не факт, что переход на линкус решит проблему, т.к. проблема не в ОС.