Дело ровно в том, что у вас что то равно null.
Что конкретно - покажет дебаггер, но 99% что это instance у InputManager.
При завершении игры в консоль постоянно выводится true, хотя, как я понял, это свойство должно возвращать в этот момент false
деактивация сцены никак не связана с этим свойством. Почитайте мануал.
Для решения проблемы есть два варианта:
- проверить instance на null
- пересмотреть архитектуру, чтобы таких вызовов небыло.