rsync -avh --link-dest=previous_backup/ source_directory/ new_backup_directory/
добавить ключей по вкусу
Эта команда будет делать резервную копию source_directory/ копируя файлы в new_backup_directory/ проверяя параллельно предыдущую копию в previous_backup/ и пропуская копирование не изменившихся файлов, создавая для них символические/жесткие ссылки.
Такой инкрементальный бакап не занимает место на диске но при этом каталог с копией можно читать как обычный каталог. Удаляя старые каталоги так же обычными средствами, ничего в новых каталогах не удаляется (при использовании жестких ссылок).
По сети чтобы все работало рекомендуется установить rsync демона (как минимум создавать жесткие ссылки через всякие nfs оно не умеет но можно проверить ssh scp/sftp)
Недостаток, на диске с бакапами созадется миллионы файлов, проверка такого диска в случае чего затягивается на часы. Так же процесс копирования сканирует весь исходный каталог каждый раз, но это делают все инструменты копирования, за исключением btrfs/zfs...
p.s. еще есть вариант, кардинально иной - использовать файловую систему btrfs, там есть возможность получать моментально в виде файла разницу между двумя снапшотами, отсылать этот любым файл удобным способом на другую машину и там либо хранить либо применять этот снапшот в любой момент к развернутой копии файловой системы (с ней не рекомендуется работать на запись, только на чтение)