не монтируй сетевые каталоги при нестабильных сетевых соединениях, это проблема linux, как не крути она будет вылезать странными способами.
Правильно, использовать ssh или специализированные протоколы и синхронизировать каталоги через них, вот на вскидку варианты:
* scp, штатная утилита, работает через ssh, по сути это то же самое что cp только по ssh
* rsync, продвинутая cp, может работать в т.ч. через ssh, умеет передавать дельту (но там вопрос про эффективность в быстрых сетях)
* инкрементальные снапшоты btrfs, максимально эффективно позволяет получать и соответственно передавать дельту изменений в файловой системе (на уровне кластеров), скорость файловой системы не деградирует при использовании снапшотов, а в момент сбора дампа разницы диск не нагружен (все остальные способы сканируют каталоги и файлы чтобы выявить дельту)
идеален для случаев если нужно синхронизировать огромное количество файлов либо огромные файлы.
* кластерные/распределенные файловые системы, позволяют синхронизировать каталоги буквально один к одному в реальном времени (идеальны если нужно много читать и мало писать, типовая сетевая файловая система при чтении полезет к файлу в сеть, а кластерная - в локальную копию), есть нюансы и сложности. Например DRBD