Существует множество программ позволяющих осуществлять синхронизацию локального каталога с FTP.
Ну как вариант
WinSCP
Ну или разбить задачу на две подзадачи-
1)Отследить изменения в папке - существует куча скриптов на разных языках, легко гуглится.
2)Передать измененые файлы на ftp - ну тут либо штатный ftp клиент windows из командной строки, либо что-то более удобное вроде wput.
В итоге - задание в планировщик которое будет с нужной периодичностью запускать скрипты.