С просто закинутыми файлами виндового загрузчика ничего не произойдёт, в смысле это не так работает, нужно флешку делать активной через diskpart, или любое другое приложение. Попробуйте загрузиться с Live CD с линуском и посмотреть состояние диска, жив ли он вообще.
В rescue mode доступно всего четыре команды: ls, set, unset, insmod
Вначале следует дать команду: ls
В ответ она выведет, например, следующее: (hd0) (hd0,msdos3) (hd0,msdos2) (hd0,msdos1) (hd1) (hd1,msdos2) (hd1,msdos1)
Если выдал, то: set prefix=(ВАШ ДИСК С ЛИНУСКОМ)/boot/grub
set root=(ВАШ ДИСК С ЛИНУСКОМ)
Этими командами мы указываем использовать диск для дальнейших команд.
Проверяем: ls /boot/grub
Если выдал: insmod ext3 (или 4, или что у вас там)
insmod normal
normal
то перезагружаемся и заходим в линукс, дальше восстанавливаете загрузчик виндовс