Александр

Через аргументы командной строки. Можно парсить либо вручную, либо (желательно) с помощью argparse.

Пример как получить доступ к списку поданных аргументов если всё-таки хочешь парсить сам:

import sys

print(sys.argv)

Дебажте по частям.
1. на виртуалке Mysql слушает на 0.0.0.0 или на нужном IP ? или только 127.0.0.1 ?
2. на виртуалке iptables ? чо с правилами?
3. на хосте iptables ? чо с правилами?
4. вы хотите проброс через ssh именно порта, или чтоб порт был виден наружу с хоста?
5. проверьте подключение и логин пароль.

Для начала - я за гугл. В книгах можно закопаться и сожрать много не нужной инфы на данный момент. Ставьте задачу, решайте ее, потом в книги для систематизации знаний.

iptables - это по своей сути "файрвол". Но никак не средство маршрутизации, хотя есть варианты.
А Вам необходимо реализовать source routing на linux машине. Для этого как раз таки и придуман ip rules.
Сделайте дополнительные таблицы маршрутизации и переправляйте в них пакеты через ip rules.

А если у вас пользователи получают фиктивные IP адреса, а для выхода в интеренет используется NAT, тогда все еще проще. Делайте SNAT в iptables. и "зана(ч|т)ивайте" каждого пользователя тем адресом, который принадлежит интерфейсу, через который он должен получить выход в интернет.

RouterBoard hAP AC За 7000 нынче не в моде?)

ну вот тебе урок жизни. теперь ты знаешь, что нужно делать бекапы)

На самом глубоком уровне - исходники смотри, Линукс - опен сорс.
На менее глубоком - документацию.
На поверхностном - любые популярные руководства.

Просто разворачивайте из готового образа. Будет у вас виртуальная за несколько секунд.

Нужно сделать так чтобы Windows не запоминала что что за компом сидел админ.

Нужно сделать так, чтобы за компом юзера не сидел админ!
И... самый простой вариант: после работы - попросите юзера залогиниться.