iptables - это по своей сути "файрвол". Но никак не средство маршрутизации, хотя есть варианты.
А Вам необходимо реализовать source routing на linux машине. Для этого как раз таки и придуман ip rules.
Сделайте дополнительные таблицы маршрутизации и переправляйте в них пакеты через ip rules.
А если у вас пользователи получают фиктивные IP адреса, а для выхода в интеренет используется NAT, тогда все еще проще. Делайте SNAT в iptables. и "зана(ч|т)ивайте" каждого пользователя тем адресом, который принадлежит интерфейсу, через который он должен получить выход в интернет.