Adamos

windows 11, которая установлена рядом всё работает

Вот именно из-за нее и не работает под Убунтой, скорее всего. Потому что винда при выключении оставляет звуковуху "на низком старте", чтобы быстро запуститься с ней заново. После чего другие системы этот звук не видят вовсе.

Вы чуть-чуть понахватались веб-технологий, ни черта всерьез не умеете - и еще недовольны, что работа для вас находится только примитивная, по готовым CMS?
Может быть, вы готовы взять в одну руку реакт, а в другую - пых с мускулем - и запилить готовый сайт без CMS? Спойлер: однозначно нет, даже если вам так кажется.
Или, может быть, вы вообразили, что кто-то готов платить вам не за результат работы, а за то, что вы успели запомнить с курсиков и видосиков, даже не подступаясь к реальным практическим задачам?

это такая муть, если бы я знала, возможно и не начинала бы

Да, пожалуй, не стоило.

при каждой итерации идёт обращение к ORM таблице городов, сравнивается описание города и если оно отличается происходит апдейт записи.

Вообще-то для этого достаточно одного INSERT ... ON DUPLICATE KEY UPDATE.
Ну, а массовая вставка по одной строчке - это верный способ убить БД на любых ресурсах независимо от движка сайта.

Если у вас пыховое приложение на древней версии, в нем стопудово куча дублирования кода и велосипедов там, где фреймворк предлагает готовое, отлаженное и стандартное.
Нет смысла переписывать велосипеды на ООП только для того, чтобы потом понять, что из них нужно только вычленить (и все равно во многом переписать) бизнес-логику, а все остальное надо просто выкинуть.
Кроме того, CRM - это куча однообразного контента и на фронте. Сразу перенести его на современный фрейм, в котором данные на бэке и фронте аккуратно синхронизируются, может опять-таки оказаться быстрее, чем мучить те велосипеды.
Ну, а если все сделано в худшем стиле и комком - вовсе оставить копролит и переписать с нуля шаг за шагом. Именно для последующего развития и поддержки.

Или выпускник ВУЗа это всегда человек которого нужно еще год обучать чтобы он стал джуном?

Ничто не мешает студенту к моменту выпуска из вуза быть вполне состоявшимся джуном.
Просто не надо надеяться, что за студента это сделает вуз.

курсы и тд

Вообще имеют такое же отношение к образованию, как церковь - к духовному росту. Исключительно паразитическое.

Перед запуском Битрикса на сервере надо прогонять официальный тест:
https://dev.1c-bitrix.ru/download/scripts/bitrix_s...

Правильная работа с БД в РНР подразумевает, что вся работа с БД собрана в классы, а из скриптов дергаются только и исключительно методы этих классов. Никакого понятия о базе скрипты иметь вообще не должны.

Apache запускается от пользователя www-data, который не имеет с вашим $USER ничего общего, даже группы.
Понятно, что он не получает доступ к пользовательским файлам и папкам, если у них не выставлены права 777.
Но вообще-то правильнее не раздавать лишние права, а ради единственного сайта просто сменить пользователя, от которого запускается веб-сервер, на этого самого пользователя. Вы же все равно под ним будете править и добавлять файлы на хосте.
Только с правами на логи возникнут аналогичные грабли, нужно либо настроить папку логов на пользовательскую, либо назначить владельца / права у /var/log/apache2.

+ Простенькая база для ее бизнеса
+ Чтобы работала на смартфоне
-------------------------------------------
- Выкидываем написанное в вопросе
- Забываем отвлеченные фантазии про БД и приложения
+ Читаем, что такое CRM

когда выбираешь файлы для загрузки

Это не "проводник", это окно выбора файла.
"Для загрузки" - видимо, браузер. Он может использовать собственное окно выбора или пользоваться тем, которое предоставляет DE - в основной Убунте это Gnome, в котором этот функционал был тупо отключен: https://discourse.gnome.org/t/file-chooser-gtk-4-d...

Операционная система "имеет право" виснуть, если у железа проблема, не позволяющая продолжить работу системы. Из-за нехватки памяти линуксы не вешаются, а убивают пережравшие процессы.
В вопросе не дано вообще никакой информации: ни что за убунта, ни что за диски, ни что за программа вешается при копировании файла.
Спрашивать, что в логах, видимо, бессмысленно.
Ну, сиди на винде, там думать не надо...

Хорошо бы покопать в сторону "а с какого, собственно, хера вход пользователя в систему переписывает ему пароль в базе?".

Спам-письма с непонятным, нечеловеческим текстом и вложением - это такой айтишный аналог старого анекдота про "на удочку ничего не поймал, а на кирпич уже пятая" (с).
Вот вы же заинтересовались, правда?..

Никогда. И, соответственно, ничем.
Это любой ответ, вы обещали радоваться, и заранее тоже.

Перед установкой Битрикса на какой бы то ни было сервер (а особенно всякое ...) необходимо запустить скрипт Битрикса, проверяющий соответствие настроек сервера его требованиям.
https://dev.1c-bitrix.ru/download/scripts/bitrix_s...
Впору это в ЧаВо писать, каждый месяц даю эту ссылку...

https://habr.com/ru/articles/459112/

Зайти в оф. документацию по используемому методу:
https://dev.1c-bitrix.ru/api_help/main/reference/c...
Нажать в хлебных крошках на класс, метод которого использован.
Получить список методов этого класса.
Прочитать его хотя бы до четвертой строчки.