Adamos

Если эта выборка нужна постоянно - удобнее будет завести текстовое поле в таблице TABLE_REFERENCE, в котором при добавлении каждой строки записывается аналогичное поле родительской категории плюс разделитель плюс название (или ID, или и то и другое - смотря что вам с этими данными нужно делать) этой родительской категории. Так у каждой строчки будет в ее данных все вышестоящее дерево категорий, без подзапросов.
Особенно если вложенность непредсказуема.

Если вы будете принимать платежи через одну платежную систему - она вам предложит и услуги по обработке всего этого геморроя на своей стороне.

Пока SQLite, а потом сравнительно безболезненно переделаете это приложение в веб-сервис на уже выстроенной логике работы с данными в базе. Только интерфейс поменять.
JSON - тупик, а noSQL - оверинжиниринг.

Насчет sda2 и sda5 - это диск разбит неграмотно.
Разметка MBR предполагает наличие на диске до четырех разделов и хак на случай, если их нужно больше - один из разделов делается "расширенным", и уже его пространство снова разбивается на разделы.
У вас так и сделано, причем без всякой на то необходимости - вместо первичного раздела sda2 создан расширенный раздел sda2, а на нем уже - логический раздел sda5. Вот их вам и показывает.

Bamboo - увы, модель базовая, рисование на ней - примерно как фломастером.
Во всяком случае, мои дизайнеры после Intuos говорили о той модели Wacom, которую сменили "бамбуки", что опыт использования совершенно несравним, небо и земля.
Под линуксами нахваливают именно для рисования Krita, можно попробовать оттолкнуться от нее.

Composer же не творит никакого волшебства.
Он проверяет зависимости, скачивает их, если надо, и собирает список классов в автозагрузку.
Хотите тянуть на сервер всю папку vendor, которую можно добавить туда одной командой быстрее, чем вы ее скопируете - ну, никто же и не мешает...
Еще Composer мог бы помочь вам заранее понять, что не так с хостингом, в смысле установленных расширений РНР. Если они в нем, конечно, прописаны. Но опять-таки никто не запрещает париться с этим вручную.

Ошибки в РНР нужно отлаживать и устранять.
А с AJAX-запросами логично предусмотреть возврат не только запрошенного, но и ошибки, если она случилась.
С соответствующей обработкой.

Редактор статей работает на фронте. РНР тут вообще ни при чем.
А список JS WISIWIG-редакторов - только гугль спросить.

целочисленных указателя

WRONG. Таких не бывает.

Инициализируем 4 переменные

WRONG. Читаем, что такое инициализация в С-подобных языках и чем она отличается от объявления.

как я понял, ссылки на две переменные также передаются в параметр

WRONG. В функцию они передаются, а не в параметр. В остальном верно ;)

Чтобы быстро сравнить структуры БД - достаточно сделать с обеих дампы без данных и открыть их в Meld, например, для визуального сравнения.

Можно разложить в аргументах функции массив и ключи к нему, но ради такой фигни столько мороки...
Если уж все равно переписывать каждое обращение - лучше понять, почему такое получается и избавиться от него в принципе.

Универсальный ответ на вопрос "я в этом ничего не разбираюсь, расскажите мне, что лучше - X или Y?!":
- Ок, гугль, "X vs Y".

Не секрет, что любой файл в сети потенциально опасен.

Это не так. Подавляющее большинство файлов в сети совершенно безопасны, и потенциально тоже.

Каким образом можно без боязни открыть даже вирус?

HEX-редактором, например, можно открывать что угодно без какой-либо боязни.

Читал, что можно это делать в виртуальной машине например. Это абсолютный способ? Или есть другие?

Судя по формулировке, "абсолютный способ" - это тот, у которого нет "других". Стоит перейти от шаманства к конкретным формулировкам, и в них обнаружится большая часть ответа.
Например, в виртуалке, к которой подключены диски реальной машины или доступна локальная сеть, я бы не советовал пробовать "абсолютный способ" с трояном-шифровальщиком.

И ещё, есть ли безопасное расширение файла? Вроде как любое расширение может быть опасным

Расширение - это часть имени файла после последней в этом имени точки. В виндах есть традиция давать файлам определенного типа определенные расширения, но она ни разу никого ни к чему не обязывает. Например, command.com никто не мешает переименовать в lame.png и попробовать куда-нибудь отправить. Впрочем, эта отправка, скорее всего, будет сопряжена с программами, которые работают не на винде и анализируют файлы не по расширению, а по содержимому.

"Пойдет" - практически любой. Но любой же будет тормозным, если ноут в базовой комплектации.
2 гига памяти - то, на чем Хром или Файрфокс будут постоянно лезть в своп.
Маленький HDD - гвоздь в крышку гроба.
От конкретного дистрибутива большой разницы ждать не приходится.
У этого ноута должна быть штатная возможность увеличения памяти хотя бы вдвое и смены винта на твердотельник.
После этого, например, в Xubuntu 20.04 он вполне адекватно будет работать.

$query->skip($pageSize * $pageNumber)->take($pageSize)->get()

Стоит посмотреть на проблему со стороны вызывающего этот API кода.
Важно ли ему, что за ошибка произошла за API?
Не примет ли он выдачу ошибки, которую вы не обработали, за данные, которые должен получить?
Не проще ли один раз сделать и потом спокойно использовать единообразный протокол, где на каждый запрос будет возвращаться объект, включающий флаг успешности и/или информацию об ошибке?