Не секрет, что любой файл в сети потенциально опасен.
Это не так. Подавляющее большинство файлов в сети совершенно безопасны, и потенциально тоже.
Каким образом можно без боязни открыть даже вирус?
HEX-редактором, например, можно открывать что угодно без какой-либо боязни.
Читал, что можно это делать в виртуальной машине например. Это абсолютный способ? Или есть другие?
Судя по формулировке, "абсолютный способ" - это тот, у которого нет "других". Стоит перейти от шаманства к конкретным формулировкам, и в них обнаружится большая часть ответа.
Например, в виртуалке, к которой подключены диски реальной машины или доступна локальная сеть, я бы не советовал пробовать "абсолютный способ" с трояном-шифровальщиком.
И ещё, есть ли безопасное расширение файла? Вроде как любое расширение может быть опасным
Расширение - это часть имени файла после последней в этом имени точки. В виндах есть традиция давать файлам определенного типа определенные расширения, но она ни разу никого ни к чему не обязывает. Например, command.com никто не мешает переименовать в lame.png и попробовать куда-нибудь отправить. Впрочем, эта отправка, скорее всего, будет сопряжена с программами, которые работают не на винде и анализируют файлы не по расширению, а по содержимому.