Самое главное: Должны быть очень ясные и недвусмысленные доказательства того, что код действительно твой.
Если твой работодатель использует код сейчас бесплатно, должно быть хоть какое-нибудь EULA или договор-оферта, которую работодатель акцептовал бы самим фактом использования. При увольнении надо уведомить работодателя об изменении EULA и зафиксировать акцепт новой оферты. Идеально было бы, если бы вообще был какой-никакой договор (пусть за 3 копейки), в котором работодатель приобретал бы срочное право использования. Думаю, протащить под шумок такой договор (особенно, если сумма смешная) будет просто. Твоим представителем может быть какой-нибудь родственник или юр. лицо, если не хочешь палиться сам.
В этом случае, либо при изменении EULA твой работодатель продолжает платить, либо перестаёт пользоваться.
Соломку надо стелить заранее.