У вас два разных вопроса.
кто его использует? В какие моменты? консольный скрипт, может быть апи?
Должна быть правильная структура проекта.
Framework и другие сторонние библиотеки - в папке vendor или node_modules
Ваш движок - в другой папке.
Каждый сайт - в отдельной папке. Если у него есть свой функционал или переопределение базового - наследование от базового.
Тогда ответы на ваши вопросы очень простые:
* какой именно функционал - открыть наследуемый класс. В IDE есть иконка-подсказка.
* кто использует - в IDE есть "Find usages"
а может быть пользователь еще не авторизовался? или его заблокировали?
Для этого должно быть логирование. Если речь про скрипты, то git. Если про изменение в БД, то и триггеры на уровне БД или запрет прямого доступа к БД, а работа только через модель и логирование.