1. Как все это запихивается под версионный контроль?
так же как и любой другой код.
Кто-то любит composer-lock.json/vendors класть в реп, кто-то нет и тп. С WP так же - можно сам движок класть, можно не класть. Зависит от кодстайла/привычек вашей команды.
2. Где можно посмотреть руководство по эксплуатаци..
На официальном сайте есть документация.
Разработка под WordPress не подразумевает ковыряние разработчика в файлах движка. Вам дали фильтры/хуки, дали несколько api, используйте - этого вполне достаточно. Если нет, скорее всего ваш проект выходит за рамки WP, либо вы делаете что-то не так.
3. Есть ли аналог php the right way...
На официальном сайте. Там же можно найти и правила для phpcs, как настроить юнит тесты и прочее такое
4. Советы от людей, которые как и я пришли разбираться с wp после паттернов проектирования.
А зачем? Вам с чем работать, с этими людьми или с WordPress?
Если вам надо работать, читайте документацию, там все толково расписано. Если же хотите пообсуждать "какой WP фиговый движок" - то это можно ваще на любом форуме в интернете и не обязательно, чтоб собеседники владели какими-либо паттернами.