Если поднять HelpDesk систему и все заявки в IT-отдел принимать только через нее,какие последствия могут быть?
Упорядочение работы. Как юзеров, так и саппорта. Обычно саппорт упираться начинает, потому что становятся очевидными множество косяков. Юзера правда тоже будут возмущаться - тут можно было по телефону наорать, а тут сиди, пиши... Опять же написала в заявке "хочу зеленую мышку" - уже не докажешь, что на самом деле хотела синюю :D
В крупных конторах обычно саппорт работает
только через трекер, прием заявок по телефону обычно оставляют, но это делает юзероустойчивая "девочко-абизьян", которая только поля в заявке заполняет :)
Если много денег - Jira, она реально крута, но реально дорога.
Если денег нет - Redmine, OTRS, Bugzilla, Mantis, тысячи их...