Третья часть (идет речь о модуле обеспечения безопасности) будет тоже с открытым кодом НО(!) доступ к коду будет либо у сторонних разработчиков, прошедших определенную проверку либо у сотрудников компании, закрепленных за данной частью проекта.
Значит третья часть будет закрытая.
Будут ли первые 2 части работать без закрытой третьей? Если нет, тогда какой смысл открывать и первые две?
Есть еще один момент, влияющий на выбор лицензии - какие сторонние библиотеки будут использоваться в вашем проекте и какие у них лицензии. Если у сторонних библиотек лицензия GPL, то вам уже никуда с GPL не спрыгнуть и выбора по сути нет.