Однозначного ответа о легальности предупреждения пользователя о поступившем в отношении него запроса Вам никто не даст.
С одной стороны, если в запросе имеется требование о конфиденциальности, то предупреждение пользователя однозначно незаконно (ст. 15 ФЗ «Об ОРД»: «Законные требования должностных лиц органов, осуществляющих оперативно-розыскную деятельность, обязательны для исполнения физическими и юридическими лицами, к которым такие требования предъявлены»).
С другой стороны, если такого требования нет, то и явного нарушения закона нет. Ведь ответственность за разглашение данных предварительного расследования возникает только в случае, когда нарушитель был предупрежден о ней в установленном законом порядке (ст. 310 УК). Схожее касается и воспрепятствованию осуществлению предварительного расследования (ч. 2 ст. 294 УК), т. к. у Вас нет явного желания препятствовать расследованию, т. е. нет субъективной части преступления.
Еще с одной стороны, недоказанность обвинений (подозрений) лица не является основанием для отказа в предоставлении сведений в отношении него (в противном случае расследование преступлений будет невозможно: чтобы найти преступника, нужно отправить запрос, а чтобы отправить запрос, нужно уже знать преступника), этот же принцип закреплен в законодательстве (ФЗ «Об ОРД», ФЗ «О связи» и других законах). Т. е. моральный принцип «а не доказано ведь», изложенный в Вашем пункте 2, на мой взгляд, некорректен.