один из вариантов решения является смена типа почтовой базы с
mbox - все письма лежат в одном большом текстовом файле на тип
maildir - каждое письмо лежит в отдельном файле
настройка thunderbird.
дифференциальный бекап maildir становится элементарным :)
утилиты дифференциального бекапа mbox не нашел :(
однако минус в большом количестве файлов в папке, ntfs кажись умеет делать B-tree над списком файлов, однако все равно тормозит на папках с гигантским количеством файлов.
ну и сама мозила считает маилдир в громоптице недоделаным :-/
ну и еще вариант бекапить в файловую систему с CoW (btrfs zfs) там есть функция дедупликацией блоков файла. там кажись даже доделали онлайн дедупликацию блоков файла. но не ковырял.