Самозанятый - работник сам платит налоги и взносы в пенсионный фонд. Компания, возможно, столкнется с ВЭД, но не уверен (конкретно для РБ и Казахстана действуют отдельные правила, плюс наверняка счет у самозанятого будет в российском банке).
ГПХ - налоги и взносы платит работодатель. Это по большому счету то же самое что и найм в штат, хотя некоторые тонкости есть.
С точки зрения белоруса выгоднее ГПХ, с точки зрения компании выгоднее самозанятый/ИП.