zooks

Естественно лучше генерировать автоматически.

На VPS ке Ubuntu 11.04

Что-то не то с VPS-кой. Старая Ubuntu, причем не LTS, это странно. Сейчас используют 12 и 14-ю.

В нормальном случае для обновления PHP нужно добавить репозиторий:
sudo add-apt-repository ppa:ondrej/php5-5.6

Похоже, что Ownclowd работает на PHP 7
https://forum.owncloud.org/viewtopic.php?t=31318&p...

Производительность сильно не изменится, я бы пробовал уже на новых проектах.

Довольно странный вопрос. Нужно работать с той CMS, с которой вы уже знакомы. Я например делал бы на MODX.