Вариант 1:
Сделать разные сущности "комментарий к вопросу" и "комментарий к ответу"
Вариант 2:
Сделать "комментарий" но не делать FK, и определять к чему это комментарий по флагу.
Вариант 3:
Сделать вопрос одной сущностью-документом, в рамках которого будет поле с ответами, поле с комментариями к вопросу, а у ответов будут свои комментарии.
Но вроде так на mysql не очень удобно будет делать, и получить все комментарии или ответы пользователя будет достаточно дорого
И можно ли данные из трех таблиц вызвать в одном запросе?
Можно. Почему нет?