Проблема, скорее всего, в том, что MySQL — это клиент-серверное приложение и поэтому факт соединения с БД требует достаточно много времени. Если база маленькая, то используя не клиент-сервенные способы хранения данных (файлы, SQLite) Вы получите примерно 30% прирост скорости.