Кстати, а какая СУБД не хранит данные в файлах? И уж какое «ПО», называющее себя СУБД, не имеет SQL-синтаксиса?
В любом случае, что-то, что представляет какой либо интерфейс, к какому либо механизму — требует накладных расходов. Не проще ли вообще отказаться от SQL и работать напрямую с файлами? Но тут тоже можно найти кучу узких мест в производительности.
Мой совет — работать сразу с MySQL. Если честно не понимаю, почему это только запланировано, а не используется сразу. Неужели при сотне записей вы испытываете проблемы с производительностью если пойдете классическим путем, неужели надо исхитряться и отыгрывать не тривиальными способами эти 30%?