Вы хотите построить упрощённую модель распространения заболевания? Чтобы что получить на выходе – число больных по дням, визуализировать как-то процесс? Я представил себе два разных подхода:
1. брать исходную «конфигурацию» социума, этих 1000 человек – как граф их связей, через которые происходит заражение. Генерировать этот граф случайным образом. Выбирать исходного заражённого. И далее обходить граф по каким-то правилам. Можно ещё добавить вероятность передачи заражения, чтобы случайным образом определять на каждом звене – состоялась передача в этот день или нет. Усложнить можно, разбив людей на классы. Например, для ИППП как минимум, мужчины/женщины и только гетеросексуальная передача. Или для инфекций, передающихся бытовым путём рассмотреть распространение от работника заведения массового питания.
2. без графа, просто добавить вероятности заражения от каждого каждому. Можно все сделать одинаковыми, напр., 60%. И каждую передачу в каждый день пробрасывать через генерацию очередного случайного числа – состоялась или нет.
Ну и погуглите научные исследования распространения эпидемий (
например), или
визуализации / игры на эту тему.