Универсальное решение - делать образ диска.
Но у него есть недостатки: бэкап занимает много места; если развернете образ, то все что было до него затрется, а там может быть важная информация; если бэкап сделан не вовремя, то он может вам не помочь и т.п.
Обычно программы сохраняют свои настройки в реестре и/или в профиле пользователя. Сохраняя нужные ветки реестра и каталоги из профиля вы сможете в последствие восстановить настройки приложений.
Но многие программы хранят в профиле и какие-то кэши и временные файлы, которые нет смысла бэкапить.
Каждое приложение нужно изучать отдельно, и создавать правила бэкапа исходя из этого.
Ни когда не видел такого бэкапера, который бы умел просто бэкапить настройки любых программ при этом не таща кучу не нужного мусора. Думаю, что такого и не существует в природе, разве что для некоторых популярных приложений. При этом, сохранив настройки программы, вы не избавитесь от необходимости ее устанавливать.
Но на самом деле, бэкапить настройки приложений - идея так себе. Гораздо проще научиться работать с ОС так, что бы она не требовала переустановки с нуля. Понятно, что рано или поздно придется переустанавливать, но это вполне реально отложить на несколько лет (в свое время на рабочем месте не переустанавливал ВинХР минимум 7 лет, при этом на компе регулярно менялся и софт и железо, потом пересел на Вин7).
Думаю, что раз в несколько лет вполне возможно потратить 1 день и настроить систему с нуля руками.
К тому же к этому можно заранее подготовиться.
Реально бэкапить нужно только ваши данные.