res2001

Вы можете не перезаписывать весь файл, а только кусок с хвоста, который останется после удаления из середины данных. Для обрезания размера файла с конца в современных ОС есть соответствующие механизмы.
Если же вам нужно удалить в большом файле несколько байт в начале, то придется перезаписать весь файл.
Для того что бы не перезаписывать большие объемы информации многие файлы внутри имеют блочную структуру (например файлы баз данных), тогда можно помечать весь блок как удаленный, при этом сам блок из файла не освобождается и не перезаписывается, но приложение знает, что он пустой и его можно будет повторно использовать при необходимости. Этот функционал вы должны сами запрограммировать в своем приложении - операционная система за вас это не сделает. При этом когда злобный админ будет делать shrink базы данных эти пустые блоки будут физически удалены из базы.

Блочная запись на диск и copy-on-write - это все верно, но находится на уровне дискового драйвера (а copy-on-write - это вообще даже не драйвер, а прошивка контроллера диска). При этом дисковый драйвер и контроллер диска ничего не знают про файлы, они работают с секторами, блоками и т.п.
Пользовательская программа, работая с файлами, обычно, не опускается на такой низкий уровень, а потому не может управлять подобными операциями.

Поля count_id1 и count_id2 видны снаружи select, а внутри нет.
Например, если этот select завернете как вложенный запрос, то в верхнем select уже можно обращаться по этим именам:

select round(sum(count_id1) /  sum(count_id2)  * 100, 1) as percent
from (
select  
 ...
count(table.id1) as count_id1,
count(table.id2) as count_id2,

from table
...
)