res2001

На счет "couldn't access" - мешает UAC. Для его обхода (для удаленного доступа к компу с администраторскими правами) нужно выставить ключ в реестре:
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\System
LocalAccountTokenFilterPolicy [REG_DWORD] = 1
И, конечно, выполнять нужно от пользователя с правами администратора.
psexec - нормально работает.
Есть и родное средство - wmic.
Для wmic можно задать в опциях имя удаленного пользователя и пароль (см. wmic /?). Пользователь так же должен иметь администраторские права на удаленном компьютере.
Есть еще winrm, но сходу не скажу как его правильно готовить.

PS: средства удаленного запуска в винде предназначены для нужд администратора, поэтому везде требуется администраторские права. Если нужно без админских прав, то можно настроить удаленный рабочий стол и пусть чел заходит по RDP и запускает что надо руками.

PPS: если приложение как-то взаимодействует с пользовательским интерфейсом (открывает окна и т.д. и т.п.), то при удаленном запуске через psexec или wmic могут быть трудности, т.к. для удаленного запуска создается отдельный пользовательский сеанс не связанный с локальным сеансом. Соответственно приложению негде будет открывать свои окна. Из-за этого может быть не возможно удаленно запустить приложение. Консольные приложения запускаются нормально - они автоматически перенаправляют вывод на ваш удаленный компьютер. В psexec для разрешения приложению открывать окна нужно использовать ключ -i. В wmic подобного ключа, по моему, нет.

Это делается с помощью ресурсов. Последний раз работал с ресурсами года 3 назад - с текстовым файлом.
Создаете в студии файл описания ресурсов (.rc), добавляете ваш файл туда. Какие конкретно кнопки жать при этом не скажу.
Затем в коде с помощью WinAPI функций FindResource и LoadResource загружаете ресурс в память как байтовый массив.
Дальше делайте с ним, что хотите.
Смысла сохранять файл на диск нет, т.к. потом снова будете с диска читать.

1.Хранят хидеры в отдельных папках в том случае, если это библиотека и нужно некоторый набор хидеров дать конечному пользователю. При этом внутренние хидеры могут лежать (и лежат) вместе с исходниками.
2. и 3. вообще без разницы.
Организация проекта у меня такая же как у вас. Работает нормально. Не вижу смысла что-то менять в этом плане.

Если правило при "Любом адресе" отрабатывает, а при установленных конкретных адресах - нет, при прочих неизменных параметрах, значит вы устанавливаете не правильные адреса.

1.Часто браузер для одного сайта открывает не одно соединение, а сразу пачку и качает ресурсы параллельно. Порты в этом случае для каждого соединения разные. Кроме того на одной странице могут быть ссылки ведущие на разные сайты, для них браузер открывает новые соединения.
2.Как было сказано порт выбирает ОС. При открытии сокета браузер указывает, что нужен "любой локальный порт". Считайте, что ОС выбирает первый свободный порт из динамического диапазона. На самом деле сложнее, конечно, но конкретный алгоритм обычно не важен.
3.В общем случае шлюз с NAT подменяет и адрес и порт, поэтому сервер увидит не адрес и порт отправителя, а адрес и порт шлюза. Все это происходит прозрачно для сервера и для клиента. Клиент думает, что он общается на прямую с сервером, а сервер думает, что клиент - это шлюз с NAT и не подозревает, что по пути пакета реальный адрес/порт клиента был подменен NATом.

У Бизли в "Python. Подробный справочник" есть введение по написанию модулей, для старта подойдет.
Дальше - родная документация.

Это делается практически одной командой, примерно как ответил dmfun
Подбираете подходящий архиватор командной строки, изучаете его параметры, тренируетесь на "кошечках", потом получившуюся команду вставляете в батник, а запуск батника в шедулер.
Могут возникнуть затруднения только с формированием имени файла. Можно воспользоваться переменными %DATE% и %TIME%.
Содержимое переменных меняется автоматически при каждом обращении.
Посмотреть текущие значения можно так:
echo %DATE [%TIME%]

Из %TIME% скорее всего придется вручную выдергивать числовые значения часов/минут/секунд, это можно сделать либо с помощью выделения подстроки (см. set /?), либо обработав переменную в for (см. for /?).

Используйте хэш-таблицу, например khash из состава klib, там же есть и другие структуры. Библиотека написана на Си.

Тут несколько моментов:
1.Если вредоносная программа работает с правами локального админа или системы то может, конечно.
2.Через интерфейс винды системные журналы можно только очистить. Есть ли возможность в API выполнять удаление отдельных события я не в курсе. Если есть, то вирусы это могут делать, если нет ... то тоже могут :-), но уже гораздо сложнее.

Видимо NAT мешает. В подобном случае NAT всем мешает.
Нужно либо настраивать NAT на шлюзе (проброс портов), либо обмениваться трафиком через сервер, а не напрямую.
Если приложение "для внутреннего использования" или для узкого круга лиц, то обычно нет проблемы настроить NAT, если же предполагается массовое распространение, то это не вариант и нужно искать обходные пути.
Для UDP протокола есть вариант использовать внешний STUN сервер. Для TCP, по моему, этот вариант не работает.

Почему VNC на винде? Есть же удаленный рабочий стол встроенный, гораздо круче VNC. Клиенты есть хоть на смартфон, в винде, конечно, клиент встроенный.