Есть такая особенность установщика винды - если при установке найдёт другой диск, на котором уже есть загрузчик винды - то он пишет свой загрузчик в существующий и не создаёт новый. В убунте, кстати, есть
такой же баг, и за долгие годы его не исправили. Самый простой способ не ошибиться - это при установке физически отключить другие жёсткие диски, кроме того, на который ставите.