Здравствуйте, Vitaminka!
Я бы Вам посоветовал предпринять следующие шаги.
1. Установить один из хорошо поддерживаемых дистрибутивов на "компьютер под рукой" (свой домашний, второй свой домашний, виртуалка). На мой взгляд, если Вы сам не сторонник "шоковой терапии", то лучший вариант поставить на второй домашний (тестовый), а если сторонник, то сразу на главный домашний. Из дистрибутивов рекомендую в порядке убывания предпочтения для вашего случая следующий список:
Ubuntu 16.04
www.ubuntu.com/download/ubuntu-kylin

Debian Jessie 8.5
cdimage.debian.org/debian-cd/8.5.0/amd64/iso-dvd

OpenSuse
https://software.opensuse.org/421/en

2. Как правильно писал Ciscoridze определите себе некую цель. Не общую, типа "хочу в совершенстве изучить Linux", а конкретную. Причём очень важно, чтобы это была действительно интересная для Вас задача и предельно конкретная. Как уже писали "установить свой Web-сервер и опубликовать его в интернете", "автоматизировать отправку СМС сообщений по критическим событиям на ПК и в сети" и т.п.

3. Хоть нынче это становится не слишком модно, купить бумажную книгу хорошего автора и читать её постоянно. Дело в том, что помимо конкретных знаний, как решить тот или иной вопрос, которые почтит всегда можно найти в интернете, очень важно общее понимание, системное преподнесение материала, а оно возможно как раз из книги или из обучающего курса. Как хороший пример «UNIX и Linux. Руководство системного администратора» (2010) Эви Немет.
adm-lib.ru/linux-i-drugie-unix/evi-gart-trent-ruko...

4. Одновременно ос всем этим считаю очень полезным чтение справочника команд прямо в алфавитном порядке. Такие справочники есть в большом количестве. Много чего там будет оставаться для вас совершенно не понятным, но ровно столько же вызовет у вас немой возглас "ах вот как это просто и классно, буду знать!!!". Чтение этого справочника должно стать для Вас многопроходным процессом и со временем количество команд из группы "ничего не понимаю" начнёт существенно убывать.
5. Очень хорошо бы найти человека, который мог бы Вам подсказывать какие-то вещи, когда у Вас совсем будет уже тупик. Кстати, выбор первого Вашего дистрибутива лучше увязать с тем, какой установлен у него. Это резко повышает эффективность помощи.
6. Будут моменты, когда "ничего не работает, ненавижу!!! Ничего не получается!!!". Не опускайте руки, не сдавайтесь, решение найдётся. :)

Не согласен со всеми ранее высказавшимися!
ВО-ПЕРВЫХ, нам чтобы Вам помочь, надо понять ЗАЧЕМ это надо! Первая моя мысль была - это какой-то адский "колхоз". Есть системный SSD, что ещё надо?!
Очевидно, что скорость работы по USB 3.0 примерно на порядок (и когда я пишу на порядок, я как должно быть, подразумеваю под этим 10 раз), ниже чем по SATA-3 и ни о какой "комфортной работе" речи идти не может в принципе!

В корне не согласен с ответом от Melkij
Физический сбой на HDD пытаться обойти программно, да ещё и на уровне СУБД - крайне малоэффективный подход. И чреват потерей всех данных на накопителе!
Необходимо найти исправный HDD равного или большего объёма. Оба подключить к тестовому ПК и с помощью ddrescue сделать клон сбойного диска ИЛИ сделать его образ в виде огромного файла. Я бы делал клон. И после того как ddrescue сделает всё что можно, уже на новом исправном диске, смотреть файлы, подключать базы и т.п.
Как работать с ddrescue в сети много описаний и главное на сайте их проекта. Проще всего использовать загрузочную флешку SystemRescue
https://www.system-rescue.org/
ddrescue там есть.
Я восстанавливал несколько раз данные с совсем плохих винтов.
Нюансов много. Если нужна помощь звоните
+сeмь дeвять О дeвять ЧЧ 17 ВЧ1
Всё что знаю расскажу и объясню.
Будьте здоровы.