Eclipse + локальный сервер -> mercurial -> скрипты, которые по крону выполняют изменения в БД, сжатие CSS/JS итд итп.
Все работает через hg, в твоем случае будет git, разницы принципиальной нет. Потом checkout на сервере и все запускается. Если есть время на тесты, то прогоняй еще тесты перед запуском. Использую Pyramid, там есть очень хорошая опция reload_templates, которая позволяет не перегружать шаблоны без перезапуска uwsgi.