диску наплевать он не знает что вы на нем хранить , у него т олько сектора и нолики с единичками
текущие файловые системы совершенно не созданы для хранения большого количества файлов в одной папке , так что стоит разбить все по подпапкам, либо переходить на какую то другую файлуху