Может "расквартировать" каждый тег в отдельную папку?
Да.
Но тогда папок наберётся...пара сотен, а то и больше
Зато будет меньший вислер ПК при листинге
Как мне быть?
1. Если это не SSD - желательно на него перейти.
2. Бэкапы (никто не отменял).
3. Проверить "индексирование файлов и папок" в Windows (лучше включить, если выключено).
Так вот, есть ли риск, что таким макаром я рискую скоро угробить диск?
Риск есть всегда. В вашем случае он повышенный, поэтому желательно всегда делать бэкап.
P.S. Еще можно поискать какую-нибудь программу-каталогизатор фото. Она поможет сделать поиск и хранение более удобным.