Все просто - если ваш программист может сделать этот бизнес без вас, значит любой другой тоже это может сделать\скопировать\разреверсить. От копирования вы уже ничем себя не защитите, можете даже не строить иллюзий - меняется название софта, немного правится интерфейс и, вуаля, другой проект к которому не подкапаешься. Если вас проект легко скопировать, подумайте, а стоит ли вообще им заниматься?
Насчет исходников. Не слушайте советы про бэкапы, это бред сивой кобылы. Потом не разберетесь где какая версия и что вообще происходит с кодом. Поставленный процесс разработки с системой контроля версий, автоматическим тестированием и прочими радостями не дадут испортить или удалить код. Естественно, все это должно быть оформлено на вас, как на администратора.