1. Подключение к материнской плате подробно описано в мануале. Если его нет - скачать на сайте производителя.
2. Все разъемы которые требуют однозначного подключения защищены элементами исключающими альтернативные варианты подключения.
3. Все разъемы для вентиляторов на материнке можно использовать. Некоторые из них даже можно будет настроить в БИОС (CPU_FAN2/WP скорее всего именно такой).
4. Ставить так можно, но с корпусом, по моему, вы погорячились.
5. Память стоит правильно, НО в любом случае смотрите в мануал к материнке там все ответы.
6. Я с такими вариантами не сталкивался НО по опыту предполагаю, что из коробки все должно работать без каких либо "переключений". Смотрите документацию к видеокарте, там все описано.