Не используйте для дозагрузки решения, базирующиеся на Flash.
Чтение файлов во флэше реализовано криво, файл целиком загружается в память.
Для этих целей подходят Silverlight и Html5 решения (насчет Java не знаю, так что врать не буду).
Зачатки дозагрузки есть в
Plupload (chunking-режим, но надо допиливать).
Ну и не могу не предложить моё решение
Lightweight Uploader, которое заточено на работу с nginx + nginx_upload_module, но может работать с любым бэкендом, реализующим
этот протокол.