Раз хотите мигрировать - наверное, в штате есть сотрудник, способный аргументированно выбрать дистрибутив и заодно рассказать, почему для хостинга бота админ-панель нафиг не нужна. В противном случае - укажите в вопросе на недостаток экспертизы.
Шифруете полностью систему на десктопах/серверах, внутрь ставите любое ПО для синхронизации - хоть Дропбокс, хоть Syncthing. На телефоне шифрование обеспечивается средствами ОС.
В чём заключается цель синхронизации? Отказоустойчивость предоставляет репликация базы и контейнеризация приложения, незачем тут, имхо, городить костыли сомнительного качества в угоду "незамороченности".
