Шифруете полностью систему на десктопах/серверах, внутрь ставите любое ПО для синхронизации - хоть Дропбокс, хоть Syncthing. На телефоне шифрование обеспечивается средствами ОС.
В чём заключается цель синхронизации? Отказоустойчивость предоставляет репликация базы и контейнеризация приложения, незачем тут, имхо, городить костыли сомнительного качества в угоду "незамороченности".