Не стреляйте в пианиста - он играет как умеет.
Ну что вы так сразу все набросились-то? Придурок писал, увольняйся нафиг... Вопрос совершенно чётко утверждает, что программа, созданная инициативно, полностью готова и корректно выполняет всё в неё заложенное - так что создавший её как бы не совсем придурок-то. А то, что руководство требует её развивать, однозначно говорит, что она ещё и полезна.
Как я понимаю, программа эта выполняется локально и монопольно, вряд ли многопоточная, и даже допускаю, что не разрешающая одновременного запуска нескольких инстансов (хотя вот это уже совсем предположение). А потому не вижу никаких противнопоказаний к нормальному рефакторингу и получению в конечном итоге приложения, сохранившего весь функционал, но написанного "по науке".
Сейчас главное - полностью разобраться в том, что и как программа делает, и просто понять, что будет дешевле - модифицировать программу или, при сохранении текущей версии и используя её как основу, написать новую версию с нуля.
Армянское Радио Такие программы пишут или в лютой спешке, или при полном отсутствии опыта - а это больше говорит о работодателе, чем о разработчике программы.
Такие программы сплошь и рядом начинаются как маленькие приблуды, создаваемые одним работником для себя, для облегчения своей работы и снятия с себя тупой рутины. И работодатель тут вообще никаким боком - он не поручал и не заказывал, оно само родилось. И тут уж как работник смог, так и сделал. И то, что программа не просто работает, но и полезна настолько, что принято решение её развивать и это развитие оплачивать - так это работнику жирный плюс.