1) Ардуино - это не МК, это вся программно-аппаратная платформа, которая может быть реализована на разных МК.
2) МК выбирается под конкретную задачу, проект. Если конкретный МК по возможностям подходит под задачу - используйте на здоровье.
3) Проблемы начинаются когда берут прямо какую-нибудь Ардуино-Уно, спаянную кое-как китайскими друзьями, и как есть на соплях-дюпонах вешают на промышленный станок. Но необходимость заботиться о надёжном питании, о помехозащищённости платы и линий - это любого МК касается, хоть Меги, хоть СТМ.