К безопасному извлечению автозапуск имеет косвенное отношение. Понятное дело, что если с флешки запущена программа (хоть автозапуском, хоть просто руками), то безопасно извлечь флешку нельзя.
Но сам автозапуск на флешках - зло. До сих пор эти "авторановые" вирусы встречаются, особенно в учреждениях на старых "многопользовательских" компах. Лучше его совсем отключить. В семёрке это в разделе Панель управления - Оборудование - Автозапуск (как-то примерно так)