Отслеживаете изменение window.scrollTop
Находите координаты искомого дива — x1, y1, x2, y2
Проверяете, попадает ли прямоугольник полностью в прямоугольник window.scrollTop, window.scrollLeft, window.scrollTop + window.height, window.scrollLeft + window.width (способ получения вьюпорта поправить с учетом доктайпа).